Ptaki są jedną z najlepiej poznanych grup zwierząt zamieszkujących Puszczę Knyszyńską. Ich bogactwo - zarówno liczba gatunków, jak i liczebność par lęgowych - stanowią o wyjątkowo dużej wartości przyrodniczej Puszczy.

Na terenie Parku Krajobrazowego Puszczy Knyszyńskiej stwierdzono występowanie ponad 230 gatunków ptaków, z czego  157 to gatunki lęgowe. Stanowi to ok. 70% wszystkich ptaków lęgowych w Polsce.

Wśród tak dużej liczby, kilka to gatunki dominujące, czyli te, które spotkać można w czasie prawie każdej wyprawy do lasu czy spaceru po łące. Należą do nich: zięba Fringilla coelebs, świstunka Phylloscopus sibilatrix, rudzik Erithacus rubecula, pierwiosnek Phylloscopus collybita, mysikrólik Regulus regulus, drozd śpiewak Turdus philomelos, trznadel Emberiza citrinella, świergotek drzewny Anthus trivialis i skowronek Alauda arvensis.

O tym, że Puszcza Knyszyńska ma charakter tajgi, świadczy występowanie gatunków borealnych takich jak: gil Pyrrhula pyrrhula, orzechówka Nucifraga caryocatactes i krzyżodziób świerkowy Loxia curvirostra.

Dużą rolę w urozmaicaniu składu gatunkowego awifauny Puszczy Knyszyńskiej pełnią doliny rzeczne. Mimo że są one w znacznym stopniu zagospodarowane, a rzeki częściowo uregulowane, wzbogacają listę ptasich mieszkańców Puszczy o kolejne gatunki: perkozy, kaczki, rybitwy, czapla siwa Ardea cinerea, łyska Fulica atra, zimorodek Alcedo atthis, błotniaki, krwawodziób Tringa totanus, kszyk Gallinago gallinago, derkacz Crex crex, remiz Remiz pendulinus, świerszczak Locustella naevia i dziwonia Carpodacus erythrinus, bocian biały Ciconia ciconia, kuropatwa Perdix perdix, przepiórka Coturnix coturnix, czajka Vanellus vanellus, świergotek łąkowy Anthus pratensis, pliszka siwa Motacilla alba, pliszka żółta Motacilla flava, kwiczoł Turdus pilaris, szpak Sturnus vulgaris, pokrzewka jarzębata Sylvia nisoria, żuraw Grus grus, bocian czarny Ciconia nigra, orlik krzykliwy Aquila pomarina, trzmielojad Pernis apivorus, droździk Turdus iliacus, dzięcioł białogrzbiety Dendrocopos leucotos.

Od momentu, gdy człowiek zaczął użytkować Puszczę Knyszyńską inaczej niż łowiecko, spowodował zmiany w składzie drzewostanu, a tym samym wpłynął na skład awifauny. Na terenach śródleśnych wylesionych i użytkowanych rolniczo osiedliły się ptaki terenów otwartych i zabudowań ludzkich, a wycofały się gatunki leśne. Z zabudowaniami ludzkimi, zwłaszcza zwartymi wiąże się obecność gatunków zupełnie obcych pierwotnej puszczy. Są to: kopciuszek Phoenicurus ochruros, wróbel Passer domesticus, oknówka Delichon urbica i dymówka Hirundo rustica oraz sierpówka Streptopelia decaocto. Najprawdopodobniej tylko dzięki uprawom rolnym występują: skowronek Alauda arvensis, kuropatwa Perdix perdix, świergotek polny Anthus campestris, wrona Corvus corone, sroka Pica pica i ortolan Emberiza hortulana.

O bardzo cennych walorach Parku Krajobrazowego Puszczy Knyszyńskiej świadczy fakt, że występuje tu aż 60 gatunków ptaków rzadkich i zagrożonych wyginięciem. Z przyrodniczego punktu widzenia najcenniejszymi gatunkami są te zagrożone wyginięciem w skali globalnej. W Polsce żyją 4 takie gatunki, z czego aż 3 zamieszkują Puszczę Knyszyńską. Są to: bielik Haliaeetus albicilla, kania ruda Milvus milvus oraz derkacz Crex crex.

Spośród ptaków zagrożonych wyginięciem w skali europejskiej, w Puszczy Knyszyńskiej swoje miejsca lęgowe posiada 36 gatunków. Są one cenne ze względu na ich rzadkość występowania w kraju lub stosunkowo wysoką liczebność w Parku. Do najcenniejszych spośród tej grupy należą: bocian czarny Ciconia nigra, trzmielojad Pernis apivorus, gadożer Circaetus gallicus, orzełek włochaty Hieraaetus pennatus, jarząbek Bonasa Banasia, cietrzew Tetrao tetrix, żuraw Grus grus, puchacz Bubo bubo, sóweczka Glaucidium passerinum, włochatka Aegolus funereus, dzięcioł białogrzbiety Dendrocopos leucotos, dzięcioł trójpalczasty Picoides tridactylus, dzięcioł czarny Dryocopus martius.

Inne gatunki zagrożone w skali europejskiej występujące na terenie Parku Krajobrazowego Puszczy Knyszyńskiej to: bocian biały Ciconia ciconia, błotniak łąkowy Circus pygargus, błotniak stawowy Circus aeruginosus, kropiatka Porzana porzana, rycyk Limosa limosa, lelek Caprimulgus europaeus, zimorodek Alcedo athhis, kraska Coracias garrulus, dzięcioł zielonosiwy Picus canus, dzięcioł średni Dendrocopos medius, lerka Lullula arborea, brzegówka Riparia riparia, świergotek polny Anthus campestris, pokląskwa Saxicola rubetra, brzęczka Losustella luscinioides, trzciniak Acrocephalus arundinaceus, jarzębatka Sylvia nisoria, muchołówka mała Ficedula parva, muchołówka białoszyja Ficedula albicollis, gąsiorek Lanius collurio, srokosz Lanius excubitor i ortolan Emberiza hortulana.

Spośród ptaków zagrożonych wyginięciem w skali kraju, na terenie Parku Krajobrazowego Puszczy Knyszyńskiej gniazduje 25 gatunków: perkoz rdzawoszyi Podiceps grisegena, cyraneczka Anas crecca, płaskonos Anas clypeata, gągoł Bucephala clangula, krogulec Accipiter nisus, kobuz Falco subbuteo, przepiórka Coturnix coturnix, sieweczka rzeczna Charadrius dubius, bekas kszyk Gallinago gallinago, słonka Scolopax rusticola, krwawodziób Tringa totanus, brodziec samotny Tringa ochropus, piskliwiec Actitis hypoleucos, siniak Columba oenas, płomykówka Tyto alba, uszatka Asio otus, dudek Upupa epops, świergotek łąkowy Anthus pratensis, słowik szary Luscinia luscinia, droździk Turdus iliacus, świerszczak Locustella naevia, strumieniówka Locustella fluviatilis, wójcik Phylloscopus trochiloides, remiz Remiz pendulinus i orzechówka Nucifraga caryocatactes.

Spośród ptaków zagrożonych wyginięciem w skali regionu, Park zamieszkują: łabędź niemy Cygnus olor, cyranka Anas querquedula, jastrząb Accipiter gentilis, pleszka Phoenicurus phoenicurus, zniczek Regulus ignicapillus i potrzeszcz Emberiza calandra.

Pokląskwa

Dzięcioł białogrzbiety

Bocian czarny

Łabędź niemy

Sóweczka

Żuraw